장기보유특별공제 계산법은 양도차익에 보유·거주 기간별 공제율을 곱해 과세 대상 금액을 줄이는 방식입니다. 1세대 1주택(2년 이상 거주)은 보유 3년부터 연 4%, 거주 2년부터 연 4%씩 따로 쌓여 최대 80%까지, 그 밖의 부동산은 3년 이상 보유 시 연 2%씩 최대 30%까지 공제됩니다. 1주택이 12억 원을 넘으면 12억 원 초과분 차익에만 적용됩니다. 다만 정부가 2026년 8월 발표한 세제개편안에서 2028년부터 거주 중심으로 바꾸고 공제 한도를 두는 방안을 내놓아, 고가 주택은 매도 시점에 따라 세금 차이가 커질 수 있습니다. 아래에서 공제율표, 계산 예시, 개편안 영향과 매도 전 6단계를 정리했습니다.
먼저 결론
- 일반 부동산: 3년 이상 보유 시 연 2%, 15년 이상이면 최대 30%
- 1세대 1주택(2년 이상 거주): 보유 연 4%(최대 40%) + 거주 연 4%(최대 40%) = 최대 80%
- 12억 원 초과 1주택은 초과분 비율만큼의 양도차익에만 공제율을 적용합니다.
- 2026 세제개편안: 2027년까지 현행 유지, 2028년 거주 6%·보유 2%(한도 20억), 2029년 이후 거주 8%만(한도 10억) 추진
- 개편안은 정부안 단계라 국회 통과와 부칙 내용을 확인해야 합니다.
장기보유특별공제란 무엇인가
오래 가진 부동산은 물가 상승분까지 차익에 섞여 있어, 차익 전체에 세금을 매기면 부담이 지나치게 커집니다. 장기보유특별공제는 이 점을 보정하려고 보유 기간에 따라 양도차익의 일정 비율을 빼 주는 제도입니다. 양도세 계산 순서로 보면 "양도차익 → 장기보유특별공제 → 양도소득금액 → 기본공제 250만 원 → 과세표준 → 세율" 중 두 번째 단계입니다.
토지·건물·조합원입주권 등은 3년 이상 보유하면 대상이 되지만, 미등기 양도자산이나 조정대상지역 다주택 중과가 적용되는 주택은 공제가 배제될 수 있습니다. 중과 여부는 양도 시점의 규정을 따로 확인해야 합니다.
장기보유특별공제 공제율표
| 기간 | 일반(연 2%) | 1주택 보유분(연 4%) | 1주택 거주분(연 4%) |
|---|---|---|---|
| 2년 이상~3년 미만 | - | - | 8%(보유 3년 이상일 때) |
| 3년 이상 | 6% | 12% | 12% |
| 5년 이상 | 10% | 20% | 20% |
| 10년 이상 | 20% | 40%(최대) | 40%(최대) |
| 15년 이상 | 30%(최대) | 40% | 40% |
1주택 공제율은 보유분과 거주분을 더합니다. 10년 보유하고 10년 살았다면 40% + 40% = 80%, 10년 보유했지만 3년만 살았다면 40% + 12% = 52%입니다. 2년 이상 거주하지 않은 1주택은 1주택 공제율이 아니라 일반 공제율(연 2%)이 적용됩니다.
장기보유특별공제 계산법 예시
가정: 1세대 1주택, 8억 원에 사서 10년 보유·10년 거주 후 20억 원에 매도(필요경비는 계산 편의상 0원).
- 전체 양도차익: 20억 − 8억 = 12억 원
- 과세 대상 차익(12억 초과분 비율): 12억 × (20억 − 12억) ÷ 20억 = 4억 8천만 원
- 장기보유특별공제(80%): 4억 8천만 × 80% = 3억 8,400만 원
- 양도소득금액: 4억 8천만 − 3억 8,400만 = 9,600만 원
- 기본공제 250만 원을 빼면 과세표준 9,350만 원, 여기에 기본세율을 적용합니다.
같은 집을 2년만 살고 팔았다면 공제율은 보유 40% + 거주 8% = 48%로 떨어져 공제액이 2억 3,040만 원이 되고, 양도소득금액은 2억 4,960만 원으로 늘어납니다. 거주 기간이 세금을 가장 크게 바꾸는 변수라는 뜻입니다.
관련 기준과 준비사항을 이어서 확인할 수 있습니다.
2026 세제개편안이 바꾸는 것
재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 세제개편안은 1세대 1주택 장기보유특별공제를 "장기거주소득공제"로 바꾸는 방향을 담았습니다. 보도된 내용은 다음과 같습니다.
| 양도 시기 | 공제 구조 | 공제 한도 |
|---|---|---|
| 2027년까지 | 현행 유지(보유 4%+거주 4%, 최대 80%) | 금액 한도 없음 |
| 2028년 | 거주 연 6% + 보유 연 2% | 20억 원 |
| 2029년 이후 | 보유분 폐지, 거주 연 8%만 | 10억 원 |
전근·질병·취학·부모 봉양처럼 불가피한 사유로 떠나 있던 기간은 최장 3년까지 거주로 인정하는 완화안도 함께 나왔습니다. 공제 한도가 생기면 차익이 큰 고가 주택일수록 세금이 크게 늘어나고, 차익이 수억 원 수준인 일반 1주택은 영향이 상대적으로 작습니다. 이 내용은 아직 확정된 법이 아니므로 국회 심의 결과를 확인해야 합니다.
매도 전 확인 6단계
1단계: 취득일과 양도 예정일을 확정합니다
보유 기간은 취득일부터 양도일까지로, 잔금일과 등기일 중 빠른 날이 기준입니다. 기간 경계에 걸리면 며칠 차이로 공제율이 4%p씩 달라집니다.
2단계: 실제 거주 기간을 주민등록으로 확인합니다
주민등록초본의 전입·전출 이력으로 거주 기간을 계산합니다. 세대원 일부만 살았던 기간은 인정 여부를 따로 확인합니다.
3단계: 1세대 1주택 비과세 해당 여부를 봅니다
12억 원 이하라면 비과세로 끝나고, 초과라면 초과분 계산이 필요합니다. 일시적 2주택이라면 그 특례 요건부터 확인합니다.
4단계: 필요경비 증빙을 모읍니다
취득세, 중개보수, 샷시·발코니 공사비 같은 자본적 지출 영수증은 양도차익 자체를 줄여 줍니다.
5단계: 개편안 적용 시점을 시뮬레이션합니다
2027년 양도와 2028년 이후 양도의 세액을 비교해 보고, 거주 기간을 더 채우는 것이 유리한지 따져 봅니다.
6단계: 양도일이 속한 달 말일부터 2개월 안에 신고합니다
12억 원 초과분이 있는 1주택도 예정신고 대상입니다. 기한을 넘기면 가산세가 붙습니다.
실수 방지 체크리스트
- 취득일·양도일을 잔금일과 등기일 중 빠른 날로 계산했다
- 2년 이상 거주 여부를 주민등록초본으로 확인했다
- 12억 원 초과분 비율 계산을 했다
- 다주택 중과로 공제가 배제되는지 확인했다
- 필요경비 영수증을 모아 두었다
- 2028년 개편안 적용 시 세액을 비교해 봤다
- 예정신고 기한을 달력에 적었다
자주 묻는 질문 10개
1. 장기보유특별공제는 몇 년부터 받을 수 있나요?
3년 이상 보유부터 적용됩니다. 1주택 거주분은 2년 이상 거주부터 계산합니다.
2. 1주택인데 거주를 안 했으면요?
2년 이상 거주하지 않은 1주택은 1주택 공제율이 아닌 일반 공제율(연 2%, 최대 30%)이 적용됩니다.
3. 12억 원 이하면 계산이 필요 없나요?
1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄다면 12억 원 이하는 양도세가 없어 공제 계산이 필요 없습니다.
4. 토지도 받을 수 있나요?
3년 이상 보유한 토지는 일반 공제율이 적용됩니다. 비사업용 토지도 공제 대상이지만 세율은 중과됩니다.
5. 상속받은 집은 언제부터 보유 기간을 세나요?
원칙적으로 상속개시일부터 계산합니다. 1주택 거주 요건 판단은 별도 규정을 확인해야 합니다.
6. 증여받은 집은요?
증여받은 날부터 계산합니다. 배우자·직계존비속에게 받은 뒤 일정 기간 안에 팔면 이월과세 규정도 확인해야 합니다.
7. 개편안은 이미 시행 중인가요?
아닙니다. 2026년 8월 발표된 정부안으로, 국회 의결 전입니다.
8. 개편안이 통과되면 언제 파는 게 유리한가요?
보도된 안 기준으로는 2027년까지 현행이 유지돼, 차익이 큰 고가 주택은 그 이전 양도가 유리할 수 있습니다. 개인 상황에 따라 다르므로 시뮬레이션이 필요합니다.
9. 공제율 계산에서 1년 미만 기간은요?
1년 미만 기간은 버리고 만 년 단위로 계산합니다.
10. 다주택자도 장기보유특별공제를 받나요?
일반 공제율은 받을 수 있지만, 조정대상지역 주택에 중과가 적용되면 공제가 배제될 수 있습니다.
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참고 자료와 확인일
- 경북매일(2026.8.3): 2026 세제개편안 장기보유특별공제 개편 — 연도별 공제율·한도, 거주 인정 완화
- 국가법령정보센터 소득세법 — 제95조(장기보유특별공제)
- 국세청 홈택스 — 양도소득세 모의계산·신고
자료 확인일: 2026년 10월 27일
작성자: 송석
본 글은 일반적인 세금 정보이며 개인별 세무 판단을 대신하지 않습니다. 공제율과 개편안은 법 개정 결과에 따라 달라질 수 있으므로 매도 전 국세청 상담이나 세무 전문가에게 확인하시기 바랍니다.